As atividades do Ilanud estão concentradas em três áreas distintas (Justiça Juvenil e Sistema Socioeducativo, Justiça Penal e Sistema Penitenciário, e Prevenção à Violência e Segurança Pública), traduzidas em duas formas de atuação: produção de conhecimento (pesquisas, diagnósticos, avaliações) e difusão do conhecimento (atividades de formação, capacitação, publicações, etc.).

As atividades de pesquisa procuram contribuir para a avaliação e formulação de políticas públicas, assim como subsidiar o debate nacional acerca dos temas trabalhados pelo instituto. As pesquisas têm, ainda, avançado na criação e aperfeiçoamento de ferramentas e métodos de investigação nas suas três áreas temáticas.

As ações de difusão de conhecimento são direcionadas a diversos atores sociais, qualificando o trabalho dos profissionais que atuam na área de segurança pública - como, por exemplo, policiais e guardas e gestores públicos - e no sistema de justiça penal (adulto e juvenil) e penitenciário - como juízes, promotores e defensores. O Ilanud também realiza seminários e debates voltados à comunidade acadêmica e interessados no tema. Finalmente, o instituto conta com a publicação periódica de revistas e livros temáticos de distribuição gratuita.